يتكون الهيكل التنظيمي المعتمد من ثلاثة مستويات إدارية: القسم والشعبة والمصلحة. يتم التعبير عنه بشكل أساسي من خلال العمليات الثلاث: الإدارة والمهن والدعم:
تتم عمليات الإدارة من قبل الإدارة العامة بمساعدة الكتابة العامة. وحدات محددة ترتبط مباشرة بهذا المستوى الإداري (حالات الطوارئ، والتواصل والإعلام، التعاون، والشؤون القانونية، والتدقيق والرقابة الإدارية).
يتكون تنظيم الوكالة من أربعة أقسام:
مسؤول عن ضمان امتثال جميع الاستعمالات الطبية وغير الطبية لمصادر الإشعاعات المؤينة للأحكام التشريعية والتنظيمية المتعلقة بالأمن الإشعاعي، فضلاً عن حماية البيئة.
مسؤول عن ضمان، بالتنسيق مع الإدارات المعنية، امتثال جميع الأنشطة المتعلقة بالمواد النووية والمواد الإشعاعية للأحكام التشريعية والتنظيمية المتعلقة بالأمن النووي ، والامتثال للالتزامات الدولية المتعلقة بالسلامة النووية، فضلاً عن تنفيذ شروط الاتفاقيات الدولية المتعلقة بالسلامة النووية وكذا تطبيق أحكام الاتفاق المتعلق بالضمانات المبرم بين المغرب والوكالة الدولية للطاقة الذرية والبروتوكول الإضافي.
مسؤول عن ضمان امتثال جميع أنشطة ومنشآت إدارة النفايات النووية والمشعة لقوانين وأنظمة الأمن النووي، فضلاً عن الترويج لثقافة الأمن النووي على المستوى الوطني.
مسؤول عن التنظيم الإداري والمالي لأمسنور وفقًا للعمليات والإجراء ات التنظيمية، وإعداد ومراقبة تنفيذ الميزانية وضمان، بطريقة متكاملة ومثالية، توفر وتطوير رأس المال البشري، والموارد التقنية واللوجستية والمالية اللازمة تنفيذ برامج أنشطة أمسنور.